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Arquivo da Santa Casa da Misericórdia de Aveiro é constituído pela documentação produzida e recebida desde a sua criação, em 1498, até à actualidade.
Data de 1513 o documento mais antigo, que é uma escritura de composição feita entre a capela de Santo Ildefonso, anexa à Igreja de S. Miguel, que se tornou assim na "primeira sala de despacho" e local onde esteve o seu primeiro cartório.
A primeira documentação produzida e recebida pela Santa Casa da Misericórdia foi certamente as actas das reuniões, as listagens com os nomes dos irmãos de maior e de menor condição, o registo das esmolas trazidas pelos mamposteiros, os legados, a actividade religiosa, as cartas de privilégios, os alvarás, etc.
A documentação da Santa Casa da Misericórdia de Aveiro, ao longo dos tempos, foi objecto de algumas tentativas de organização. O primeiro inventário que nos chegou data do ano de 1616, e está assinado pelo escrivão Sebastião da Rocha Pimentel; dos finais do século XVIII aparece-nos o “Caderno dos títulos, livros, escrituras e mais papéis que tem a Santa Casa da Misericórdia” e em 1813-1816 é feito o “Inventário dos livros e papéis do Arquivo da Santa Casa da Misericórdia”.
Entre 1930 e 1968 vamos encontrar instalados na Casa do Despacho da Misericórdia, os fundos documentais da Biblioteca e do arquivo Municipal e do Arquivo da Santa Casa, tendo sido elaborado deste acervo um “Inventário do Arquivo da Misericórdia de Aveiro – 1932”, com 261 títulos, que obedece apenas a uma ordenação cronológica das espécies.
Em 1975 -1976, foi intervencionado por alunos da Faculdade de Letras da Universidade do Porto e posteriormente, na década de 80, foram publicados dois novos inventários. O primeiro, “O Arquivo da Santa Casa da Misericórdia de Aveiro”, foi publicado no Boletim da Associação de Defesa do Património Natural da Região de Aveiro, sendo da autoria de Gabriela Gonçalves e Amaro Neves; o segundo, “O Arquivo da Santa Casa da Misericórdia de Aveiro”, foi publicado em Dezembro de 1985 como separata do nº 6 do Boletim Municipal de Aveiro, sob orientação de Fernando Sousa, Jorge Alves, Gaspar Martins Pereira e Jorge Ribeiro, com um total de 387 unidades de instalação.
O mesmo veio a ser continuado em 2003-04, e às 387 unidades de instalação inventariadas são acrescentadas mais 543.
Foi o mesmo acervo objecto de inventariação nos anos de 2006/2007, em consonância com as normas de descrição arquivística, sendo actualmente um fundo aberto. Para além deste, foram também objecto de tratamento os seguintes fundos documentais, que se encontram à guarda da Santa Casa: Associação Aveirense de Socorros Mútuos das Classes Laboriosas de Aveiro (PT-SCMA/AASMCL); Comissão Municipal de Assistência de Aveiro (PT-SCMA/CMAA); Igreja de S. Pedro de Abragão, Penafiel (PT-SCMA/ISPNF01); Irmandade de N. Sra. da Conceição (PT-SCMA/INSC); Assembleia da Barra (PT-SCMA/AB); Igreja de N. Sra. da Apresentação (PT-SCMA/INSA); Ordem Terceira da Penitência (PT-SCMA/OTP); Igreja da Vera Cruz (PT-SCMA/IVC) e a Colecção de Mapas e Cartas Militares do General João de Almeida (PT-SCMA/COLMCM).
A documentação é constituída por livros, maços e documentos avulso. A sua consulta é livre, salvo restrições legais. Apresenta-se escrita em português, castelhano e latim.
Estudada a documentação, o Fundo da Santa Casa da Misericórdia de Aveiro, apresenta a seguinte organização: